De Marine bestond al sinds 1488 na de “ordonantie van de admiraliteiten” door Maximiliaan van Oostenrijk. De vijf admiraliteiten vanaf 1597. Maar erg georganiseerd was de marine nog niet. Hoewel Maarten Harpertszoon Tromp al vele verbeteringen aanbracht heeft Michiel veranderingen doorgevoerd, die wij nog steeds herkennen. 

Eerst was er de chaos van schepen die elkaar enteren. Michiel nam het linievechten met honderden schepen tegelijk over van de Engelsen, maar met een aanpassing. Het doorsnijden van de linie verdeelde de tegenstander en gaf numeriek voordeel voor Michiel. 

Door vooraf tijdens de krijgsraad diverse scenario's te bespreken en achteraf te evalueren werden intenties gedeeld en lessen geleerd. Dit gaf individuele kapiteins de mogelijkheid naar eigen inzicht te handelen. Vlaggenseinen maakte het mogelijk naar de omstandigheden bij te sturen. Veel sneller dan de kleine zeiljachten boodschappen konden overbrengen.

Wellicht de belangrijkste innovatie was het oprichten van het Korps Mariniers. De verbinding tussen water en land was hiermee gelegd. Over de hele wereld is dit voorbeeld inmiddels gevolgd en niet voor niets wordt het Korps overal ter wereld ingezet: Qua Patet Orbis.

Het welzijn van zijn bemanning ging hem aan het hart. Zijn vrouw vroeg hij inkopen te doen, zodat er beter eten aan boord was dan men over het algemeen gewend was. Voor de geestelijke zorg nam hij een vlootpredikant mee. En als er dan toch een gewonde te betreuren viel had Johan de Witt voor een financiële compensatie gezorgd die de basis legt voor de huidige gezondheidszorg.